在联合科研小组全力投入生物能源研究的同时，联盟的军事部署也在紧锣密鼓地进行着。神秘舰队情报渗透事件虽已暂时得到控制，但留下的阴影仍笼罩在联盟上下。艾莉丝和暗影主宰深知，时间紧迫，必须尽快提升联盟的整体实力，才能在即将到来的决战中占据优势。

为了进一步优化新型能量干扰武器，联盟召集了各大星球的顶尖武器专家，齐聚星辰星的军事科研中心。专家们围绕着之前模拟战斗中暴露出的问题，展开了激烈的讨论。一位来自曙光星的武器专家提出：“目前的能量干扰武器虽然能够干扰神秘舰队的能量屏障，但持续时间较短，我们需要延长干扰时间，这样才能给战舰创造更充足的攻击窗口。”

经过多日的研究和反复试验，专家团队对能量干扰武器的发射装置和能量核心进行了改进。他们研发出一种新型的能量压缩技术，能够将能量波压缩得更加密集，从而延长干扰能量屏障的时间。同时，为了提高武器的稳定性和命中率，专家们还为其配备了一套先进的智能瞄准系统，该系统能够根据神秘舰队能量屏障的实时变化，自动调整射击角度和能量输出。

在武器改进的过程中，联盟的战舰制造也取得了显着进展。星辰星的大型造船厂日夜赶工，采用了最新的合金材料和建造工艺，打造出一批新型战舰。这些战舰不仅在防御力上有了大幅提升，还装备了更强大的动力系统，使其速度和机动性远超以往。

艾莉丝和暗影主宰亲自来到造船厂视察新型战舰。当他们登上一艘刚刚竣工的旗舰时，造船厂的负责人激动地介绍道：“这艘旗舰集合了联盟目前最先进的技术，它配备了全新的能量护盾，能够抵御神秘舰队强大的能量攻击。而且，战舰内部的指挥系统也进行了全面升级，实现了信息的快速传递和精准指挥。”

艾莉丝满意地点点头：“很好，这些新型战舰将是我们对抗神秘舰队的重要力量。但我们不能满足于此，还要不断提升战舰的性能和作战能力。”暗影主宰也补充道：“在提升硬件实力的同时，我们也要加强船员的训练，提高他们的战斗素养和协同作战能力。”

然而，就在联盟积极备战之际，神秘舰队再次发动了袭击。一支神秘舰队的分遣队突然出现在边缘星系，对几个小型星球发动了猛烈攻击。这些星球的防御力量薄弱，根本无法抵挡神秘舰队的强大火力。一时间，星球上的城市被摧毁，居民们陷入了恐慌之中。

联盟接到求救信号后，立刻派遣了一支救援舰队前往事发星系。当救援舰队赶到时，神秘舰队的分遣队已经完成了破坏，正准备撤离。救援舰队指挥官果断下令追击，双方在宇宙中展开了一场激烈的追逐战。

神秘舰队的分遣队凭借着速度优势，试图摆脱联盟救援舰队的追击。但联盟舰队指挥官早有准备，他利用事先部署在星系中的监测站，实时掌握神秘舰队的行踪。同时，他指挥舰队采用了一种新的战术，将舰队分成多个小队，从不同方向对神秘舰队进行包抄。

在激烈的战斗中，联盟舰队的新型战舰发挥了重要作用。它们的先进武器系统和强大的机动性，使得神秘舰队的分遣队逐渐陷入了困境。经过一番激战，神秘舰队的分遣队终于被击退，联盟舰队成功解救了被攻击的星球。

虽然这次战斗取得了胜利，但艾莉丝和暗影主宰意识到，神秘舰队的袭击不会就此停止。他们必须尽快找到神秘舰队的老巢，主动出击，才能彻底消除威胁。为此，联盟情报部门加大了对神秘舰队行踪的侦查力度，派出了大量的侦察飞船，在宇宙中四处搜寻线索。

与此同时，联合科研小组在生物能源研究方面也遇到了新的挑战。虽然他们成功培育出了特殊的生物晶体，但在将生物晶体转化为实际可用能源的过程中，遇到了技术瓶颈。生物晶体的能量释放不稳定，容易引发剧烈的能量波动，这不仅会影响能源的有效利用，还可能对周围环境造成严重破坏。